Versie 9.3.1 verhelpt een regressie in de vorige release die ervoor zorgde dat er een valse foutmelding werd weergegeven bij het samenvoegen van boeken, en een regressie in Calibre 9.0 die ervoor zorgde dat texturen niet meer konden worden gebruikt als achtergrond voor het omslagraster bij gebruik van het systeemthema in Windows.